Súrodenci Mario a Luigi snívajú o tom, že sa im podarí viesť najlepšiu inštalatérsku firmu v New Yorku, čo sa im zatiaľ celkom nedarí. Možno práve preto sú ochotní vrhnúť sa do úloh, ktoré sú zjavne nad ich sily. Ich ochota ísť do toho po hlave sa im nevyplatí v momente, keď vlezú do podozrivo vyzerajúcej obrovskej zelenej rúry a o pár sekúnd neskôr sa už nekontrolovateľne rútia “niekam”. Na druhom konci rúry ich čaká fantastický svet, ktorého obyvatelia práve riešia existenčný problém. Odporný jašter Bowser, kráľ jedného z kráľovstiev, sa rozhodol násilím ovládnuť všetky ostatné kráľovstvá. Konkrétne si vyhliadol Hubové kráľovstvo, ktorého vládkyňu, princeznú Peach, by si rád vzal za ženu.
Večný smoliar Luigi sa po bláznivej jazde ocitne v Bowserovej spálenej krajine, kde ho okamžite zajmú prisluhovači miestneho kráľa. Mario má oveľa väčšie šťastie, pretože kráľovstvo princeznej Peach, v ktorom skončí, vyzerá ako raj nielen pre hubárov. Peach je navyše milé dievča bez princeznovských manierov, takže keď sa Mario dozvie, aké nebezpečenstvo hrozí jej kráľovstvu, okamžite sa jej rozhodne pomôcť. Najmä ak sa mu pritom podarí zachrániť svojho milovaného brata Luigiho. Zabúda však, že nie je žiadny hrdina a že najodvážnejšia vec, akú kedy urobil, bolo pritiahnutie vodovodnej batérie. Ale keď ste Super Mario, nebojíte sa žiadnych prekážok.