Bastian tentokrát nebojuje s pohádkovými bytostmi, ale se skupinou chuligánů z jeho nové školy, kteří si říkají Zlouni. Podařilo se jim zmocnit se knihy s pohádkovým Nekonečným příběhem a bohužel odhalili její kouzelnou moc. Začínají zlomyslně vnášet zmatek do říše Fantazie i do našeho skutečného světa. Pohádková císařovna požádá Bastiena o pomoc, jedině on totiž může Zlouny zastavit. Jeho úkol je ale o to těžší, že několik obyvatel Fantazie se dostalo do světa lidí a nechovají se zrovna nenápadně.