Od poslednej Battle Royale, ktorá skončila nie úplne podľa pravidiel, už prešli tri roky. Shuya Nanahara a Noriko Nakagawa boli stíhaní pre vraždu učiteľa a porušenie niekoľkých zákonov, tieto prehrešky však dávno vybledli tvárov v tvár ich ďalším činom. Nanahara totiž založil hnutie odporu a vyhlásil vojnu všetkým dospelým. Pravidelne cez internet vysiela do počítačov japonskej mládeže svoje posolstvo, často doplnené teroristickými útoky. Nanaharova armáda, zložená väčšinou zo sirôt a dorastencov oddaných jeho veci, sa tak rázom dostáva na predné stránky novín a do zameriavača samotnej vlády.